Ympäristönsuojelun tehtävänä on ehkäistä ympäristön pilaantumista sekä poistaa ja vähentää pilaantumista aiheutuvia haittoja. Kunnan ympäristönsuojeluviranomaisen tehtävistä on säädetty mm. ympäristönsuojelu-, jäte-, vesihuolto-, vesi-, maastoliikenne- ja vesiliikennelaissa. Kustavin kunnan ympäristönsuojeluviranomaisena toimii Uudenkaupungin ympäristö- ja lupalautakunta.