Endokriininen eli umpieritysrauhasten kirurgia on pieni erityisosaamista vaativa gastroenterologisen kirurgian osa-alue. Siihen kuuluvat kilpirauhasen ja lisäkilpirauhasen sekä lisämunuaisten, haiman ja ruoansulatuskanavan endokriinisten kasvainten kirurgia.