Ympäristönsuojelu hoitaa kunnan ympäristönsuojeluviranomaiselle kuuluvat tehtävät. Lupa-, valvonta- ja neuvontamenettelyin pyritään siihen, että erilaiset toiminnot aiheuttaisivat mahdollisimman vähän ympäristöhaittoja.
Ilmajoen kunnan ympäristönsuojeluviranomaisena toimii ympäristölautakunta ja sen alaisena viranhaltijana ympäristöinsinööri.